2011年1月30日，国家税务总局发布了《国家税务总局关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》，对国税函[2009]694号文件作了两点补充规定，一是明确了企业为月工资收入低于费用扣除标准的职工缴存企业年金的计税问题。即企业年金的企业缴费部分计入职工个人账户时，当月个人工资薪金所得与计入个人年金账户的企业缴费之和未超过个人所得税费用扣除标准的，不征收个人所得税；若个人当月工资薪金所得低于个人所得税费用扣除标准，但加上计入个人年金账户的企业缴费后超过个人所得税费用扣除标准的，其超过部分按照《通知》第二条规定缴纳个人所得税。；二是就以前年度企业缴费部分未扣缴税款的计算和补税方式做出规定。即将以前年度未扣缴税款的企业缴费累计额按所属纳税年度分别计算每一职工应补缴税款，在此基础上汇总计算企业应扣缴税款合计数，在计算应补缴税款时,按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率,明确了相关计算公式。
